深圳新哲文院构建七年一贯制培养体系，初中阶段着重夯实学科基础，在英语强化课程中融入批判性思维训练，数学与科学课程深度对接国际标准。高中阶段实行AP课程与A-Level课程双轨并行，25门大学先修课程覆盖文理艺三大领域。
| 学科领域 | 具体课程 |
|---|---|
| 数理科学 | AP微积分AB/BC、多元微积分、AP统计学、AP计算机科学 |
| 自然科学 | AP物理2/C系列、AP化学、AP生物、有机化学实验 |
| 人文社科 | AP微观/宏观经济学、AP世界史、AP文学与写作 |
| 艺术修养 | AP平面设计、AP音乐理论、AP艺术史 |
从预备七年级开始实行学科能力分级制度，数学、物理等核心科目设置三级教学梯度。每学期动态评估机制确保学生始终处于学习区间，这种弹性学制使文理特长学生都能获得针对性提升。
学术类社团包含国际基因工程机器大赛(iGEM)备赛组、数学建模俱乐部等12个专项团队。艺术培养方面设立交响乐团、视觉艺术工坊等创作空间，全年举办学术峰会、艺术节等大型活动超过20场。
