在深圳新哲文院的初中教育阶段，采用经过本土化改良的普林斯顿附属中学课程框架，形成独特的"双轨三阶"教学体系。该体系包含语言强化、学科基础、学术拓展三大培养阶段，每个阶段设置相应的核心科目与选修模块。
| 培养阶段 | 核心科目 | 特色模块 |
|---|---|---|
| 语言强化 | 双语文学、学术英语 | 跨文化沟通工作坊 |
| 学科基础 | 数学思维、科学探究 | STEAM项目实践 |
| 学术拓展 | 人文社科、艺术鉴赏 | 国际竞赛辅导 |
课程实施采取动态分层机制，在数学、科学等核心科目设置基础层、提高层、荣誉层三级教学梯度。每学期根据学生学术表现进行层级调整，确保每个学习者都能获得适切的发展空间。
初中阶段特别设置课程衔接模块，在八年级引入IGCSE预备课程元素，九年级开设AP先修课程体验课。这种渐进式过渡设计使得学生在升入高中阶段时，能够从容应对A-Level、AP等不同课程体系的选择。
课程设置突破传统学科界限，在学术深度的同时，通过三大特色培养维度构建完整育人体系：
每周设置10课时核心学术课程，配套5课时专题研讨，涵盖数学建模、科学实验等实践环节
包含机器人编程、商业模拟、戏剧创作等20余个选修项目，每学期可修读2-3个特色模块
定期举办模拟联合国、国际文化周等活动，与海外姊妹学校开展线上联合课题研究
